Исходя из своей главной цели - повышение эффективности практической деятельности российских органов юстиции и их взаимодействия друг с другом, Центр осуществляет сотрудничество как с государственными учреждениями и ведомствами, так и с общественными организациями.

Фондом ИНДЕМ заключены соглашения о сотрудничестве с ГУ "Всероссийский научно-исследовательский институт" Министерства внутренних дел Российской Федерации, НИИ Уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Российской Федерации, Санкт-Петербургской правозащитной организацией "Гражданский контроль". ЦСП также взаимодействует с различными государственными органами и общественными организациями на договорной основе. ИНДЕМ также является членом международной организации "Альтус" - уникального и нового объединения неправительственных организаций из США, Бразилии, Чили, Нигерии, Индии и Нидерландов. Данный союз создан в целях защиты прав граждан и повышения их доступа к правосудию через проведение практических экспериментов и прикладных исследований.